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NETCDF安裝筆記：

　　以下筆記是於Red Hat Enterprise Linux 4底下的NETCDF 4.1.3安裝紀錄，當初升級NETCDF的原因我想不大起來了，可能是想要升級NCAR Graphics吧，安裝過程中也一併安裝了其他軟體，如szip、HDF等等。安裝大致是依照官方網站上的步驟進行的。

首先安裝szip：

1. 下載szip V2.1並解壓縮，這個檔案我是從HDF Group抓的，不是szip官方網站，不過老實說我也不清楚szip的官方網站是哪一個。
2. 解壓縮後給以下指令

   [root@HPC ~] CFLAGS=-fPIC ./configure --prefix=/opt/app/szip --disable-shared

   -fPIC是要讓它產生Position-Independent Code，一定要加，不然裝NETCDF時會出問題
   --prefix指定要安裝的位置，如果不加通常會安裝到/local/usr下
   --disable-shared讓他成為靜態函式庫
3. 最後依序執行以下指令來安裝即可，記得檢查安裝過程有沒有出錯。

   [root@HPC ~] make >& make.output-szip21 [root@HPC ~] make check [root@HPC ~] make install

接著是HDF4 - 4.2.6：

1. 下載HDF4並解壓縮，如果你只要用NCAR Graphics但不需要使用HDF格式檔案的話就不用裝，而如果要用NCL的話就要。
2. 解壓縮後執行

   [root@HPC ~] ./configure --prefix=/opt/app/hdf4 --with-zlib=/usr/lib64 --with-jpeg=/usr/lib64　\ 　　　　　　　--with-szlib=/opt/app/szip --disable-netcdf --includedir=/opt/app/hdf4/include/hdf

   --with-zlib、--with-jpeg、--with-szlib分別是指定你的zlib、jpeg、szip lib位置
   --disable-netcdf是要求不使用HDF內建的NETCDF函式庫（因為稍後會安裝NETCDF啊！）
   --includedir是指定HDF的include file的位置，如果你沒有指定prefix的話那這個一定要加，不然這些檔案可能會被放到/usr/local/include下，這樣會跟NETCDF的include file重疊
   
   註：若先前安裝szip時沒有指定--disable-shared，在這可能會遇上找不到libsz.so.2這個共享函式庫的問題，這是因為雖然安裝了szip，但是沒有更新動態函式庫的搜尋路徑，使得ld指令在呼叫函式庫找不到它，只要在/etc/ld.so.conf中加入/opt/app/szip/lib來指定你的szip函式庫位置，並執行/sbin/ldconfig -v更新即可。
3. 最後依序執行以下指令：
   

   [root@HPC ~] make >& make.output-HDF426 [root@HPC ~] make check >& make.check-HDF426 [root@HPC ~] make install

4. 安裝完畢後即可做環境設定，請將以下幾行加入你的.bashrc或是/etc/profile之類的環境設定檔中：
   

   export HDFROOT=/opt/app/hdf4 export HDFINC=$HDFROOT/include export HDFLIB=$HDFROOT/lib export PATH=$HDFROOT/bin:$PATH

參考資料：HDF Group官方安裝說明
　　　　　NCAR NCL安裝說明-HDF 4

NETCDF - 4.1.3

安裝NETCDF前有幾點要注意：

• 根據官方網站的說明，configure前最好先依據編輯器設定不同的FLAG，若是跟我一樣使用PGI 的編譯器，要把CPPFLAGS設定為-DpgiFortran（若為gfortran則是-DgFortran，詳見註1），這是為了要讓NETCDF的函數能夠正確的被呼叫，會依照編譯器的不同在函數名稱前加上所需的底線，不過在這裡我加不加這個FLAG都可以成功編譯，保險起見還是不要略過囉。
• 若是為了WRF或是NCAR Graphics(NCL)而裝的，那麼於configure時一定要加上--disable-netcdf-4，因為WRF / NCL不支援NETCDF 4裡的一些太新穎的功能（註2）。
• configure時不要加上--enable-benchmark這個flag，我在一開始有加這個flag，但在make check時會遇上無解的錯誤，送ticket到官方網站詢問所得到的回答是這個問題在這個版本應該算個bug。（有興趣的人可以去翻翻他們的Known Porblems頁面）

註１：Building and Installing NetCDF on Unix Systems - Platform Specific Note

註２："The WRF modeling system currently only uses its classic data model, supported in netCDF-4."
　　　WRF User Guide Chapter 2: Software Installation
　　　Building NetCDF with Classic Library Only

註３：[netCDF #KMW-354832]: "make check" error report for NETCDF-4.1.3

1. 下載NETCDF並解壓縮
2. 設定你的編譯器，編譯指令
   

   [root@HPC ~]# export CPPFLAGS=-DpgiFortran # 如果是csh的使用者，請用setenv

3. 執行以下指令（由於版本不同，所加的編譯指令也會不同，詳細用法請見官方網站之說明）

   [root@HPC ~] ./configure --prefix=/opt/app/NETCDF --with-zlib=/usr/lib64　\ 　　　　　　--with-szlib=/opt/app/szip/lib --with-temp-large=/scra3/ --enable-hdf4-file-tests　\ 　　　　　　--disable-netcdf-4 --with-udunits --enable-large-file-tests --enable-dap

   --with-zilb與--withszlib分別是用來指定zlib以及szip函式庫的位置。
   因為加了–enable-large-file-tests啟動對超過2GB的大檔案的測試，所以要用--with-temp-large指定存放位置，大概會需要13GB的空間，在make check時也會多花一點時間。
   --with-udunits一併編譯udunits這個拿來作單位轉換的套件
   --disable-netcdf-4，重要，若為安裝給WRF用的這一定要加
   --enable-dap啟用對DAP檔案的支援
4. 設定結束後，即可開始安裝

   [root@HPC ~] make >& make.output-NETCDF413 [root@HPC ~] make check >& check.output-NETCDF413 [root@HPC ~] make install [root@HPC ~] nc-config --version netCDF 4.1.3

   make check最好是跑一下，確定它沒有問題。
   如果在make時出現跟szip有關的問題，那可能是當初安裝szip時沒有加上-fPIC，重新安裝szip即可。
   
   而若出現：
   PGF90-S-0038-Symbol, nf90_set_var_chunk_cache, has not been explicitly declared (f90tst_vars2.f90)
   0 inform, 2 warnings, 2 severes, 0 fatal for f90tst_vars2
   make[2]: *** [f90tst_vars2.o] Error 2
   這樣的話得單獨安裝fortran的函式庫，請回到configure，加上--disable-fortran讓NETCDF略過它，這樣一來lib資料夾中將不會出現libnetcdff.*的檔案，完成安裝後再另外安裝fortran的函式庫。
   
   如果在安裝RIP4（或其他程式）的時候遇上大量以nf_開頭的函數出現"undefined reference"的錯誤訊息，例如：

   [root@RIP4 ~]# ./compile refmos2calc.o(.text+0xbd): In function `refmos2calc_':: undefined reference to `nf_open_' refmos2calc.o(.text+0xe0): In function `refmos2calc_':: undefined reference to `nf_inq_dimid_'

   那是因為較新的NETCDF已經將C/Fortran的函式庫（libnetcdf.a / libnetcdff.a，後者多個f）分開了，在網路上搜尋你可能會找到用CPPFLAGS=-DpgiFortran就能解決的說法，可惜在這裡是行不通的，因為那些nf_open_函數都是寫在libnetcdff.a裡面，解決辦法就是在Makefile裡面 搜尋library的地方多指定一個-lnetcdff。

參考資料：Compile error when make check
　　　　　NCAR NCL安裝說明-NETCDF
　　　　　[netCDF #VEM-652223]: nf_open
　　　　　PGI User Forum - NETCDF Undefined Reference

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